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其中一些卑微的微生物助手在人類成為人類之前就已經存在于我們的腸道中，某些腸道微生物幾乎在所有靈長類動物中都能找到，這表明它們首先在一個共同的祖先中定居。但是人類也失去了許多在其他靈長類動物中發現的這些助手，而且隨著世界各地的人們不斷涌入城市，可能會失去更多，一位研究人員上周在華盛頓特區的一個微生物學會議上報告說，這些缺席的腸道微生物可能會影響人類的健康。

微生物組包括所有的細菌、真菌、病毒和其他居住在個體上的微觀生命，無論是人、植物還是刨花。對于人類和許多其他物種來說，特征最明顯的微生物組以腸道中的細菌為中心。微生物學家對這些腸道微生物的研究越多，他們就越能將這些細菌與宿主的功能聯系起來。例如，在人類中，腸道細菌影響免疫系統對病原體和過敏原的反應，或與大腦互動，影響情緒。

研究人員之前的工作顯示，人類的腸道微生物與其他靈長類動物的微生物非常相似，這表明它們的腸道存在早于人類的進化。但后續研究也表明，從一般意義上講，人類的腸道微生物組已經變得不如我們目前的靈長類動物表親的腸道微生物那么多樣化。一項研究發現，野生猿猴的腸道中有85個微生物屬，如細菌和雙歧桿菌，但在美國城市的人中只有55個，世界上欠發達地區的人有60到65個這些細菌群，這一觀察將微生物多樣性的減少與城市化聯系起來。

隨著人類從過去的狩獵采集者進入城市，飲食發生了變化，抗生素的使用，更多的生活壓力，以及更好的衛生條件，都可能是導致人類腸道微生物損失的原因。一些著名的研究人員認為，這種較低的多樣性可能導致哮喘和其他炎癥性疾病的增加。